根据中国科学技术信息研究所的《中国科技期刊引证报告》(2007年版, 1723种源期刊)，《生物多样性》2006年影响因子为1.639, 生物学类期刊排名第一; 被引频次为1077，生物学类期刊排名第十九位。
    根据中国科学技术信息研究所“2006年度中国科技论文与引文数据库(CSTPCD 2006)”统计结果,《生物多样性》荣获2006年“百种中国杰出学术期刊”称号。
   “百种中国杰出学术期刊”是根据中国科学技术信息研究所研制的“中国科技期刊综合指标评价体系”评出的。该体系利用多项指标，如总被引频次、影响因子、即年指标、基金论文比、他引总引比等，通过数学方法确定各指标的 权重值，最终得到期刊的综合指标的排序值。其评定结果客观公正，是业界公认的比较全面和准确的期刊评价体系，已在全国期刊评比和国家自然科学基金委、中国科协择优资助期刊工作中得到多次应用。

附：2006年生物学类期刊影响因子排名（前20位）

期刊名称               影响因子      学科内排名
生物多样性               1.639           1
植物生态学报             1.590           2
生态学报                 1.491           3
应用生态学报             1.461           4
植物生理与分子           1.096           5
生物学学报
生态学杂志               1.057           6
遗传学报                 0.938           7
人类学学报               0.892           8
西北植物学报             0.882           9
昆虫知识                 0.862           10
现代生物医学进展         0.803           11
昆虫学报                 0.783           12
微生物学报               0.771           13
植物学通报               0.759           14
水生生物学报             0.727           15
遗传                     0.717           16
中国科学C                0.678           17
JOURNAL OF INTEGRATIVE   0.662           18
PLANT BIOLOGY
兽类学报                 0.657            19
动物学研究               0.649            20
微生物学通报             0.649            20

根据中国科技信息所的《中国科技期刊引证报告》(2007年版, 1723种源期刊)