根据中国科学技术信息研究所最新公布数据，《植物生态学报》2010年影响因子为1.870，在60种生物学类期刊中排名第1；总被引频次为4081，在60种生物学类期刊中排名第4。被评为2011年百种中国杰出学术期刊和2011年度中国精品科技期刊。

      《植物生态学报》2008年第1期176-182页发表的刘恩科等的“长期施肥对土壤微生物量及土壤酶活性的影响”入选2010年中国百篇最具影响国内学术论文。