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中国扁桃亚属四种野生扁桃的系统发育与物种分化
植物生态学报
2021, 45 (9):
987-995.
DOI: 10.17521/cjpe.2020.0366
基于核基因ITS序列研究中国4种野生扁桃: 新疆野扁桃(Amygdalus ledebouriana)、蒙古扁桃(A. mongolica)、长柄扁桃(A. pedunculata)和西康扁桃(A. tangutica)的系统发育关系和物种分化, 为4种植物的遗传与演化研究提供数据支撑。利用单倍型网络和主坐标分析揭示单倍型的聚类关系; 利用最大似然树和贝叶斯系统树分析单倍型的系统发育关系; 利用R语言“ecospat”包分析4种扁桃的生态位分化及其环境驱动因子。4种扁桃ITS1-ITS4片段总长为634 bp, 鉴别出27个核苷酸变异位点, 共定义了28个单倍型。4种扁桃种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离, 种间存在显著的遗传分化。4种扁桃的单倍型聚为两支: 新疆野扁桃、蒙古扁桃和西康扁桃聚为一支, 长柄扁桃为另一支; 单倍型网络和主坐标分析揭示的单倍型聚类关系与系统树一致。西康扁桃与蒙古扁桃、与长柄扁桃之间均表现出了显著的生态位分化, 最暖月最高气温、年平均气温、最冷月最低气温和最暖季降水量是驱动物种生态位分化的关键因子。 ![]() View image in article
图5
扁桃亚属4种野生植物基于ITS序列的单倍型系统发育树。A, 最大似然(ML)树。分支点上方的数字为大于等于70的自展支持率。B, 贝叶斯树。分支节点右侧的数字表示大于0.70的后验概率值, 两系统发育树右侧的中括号表示为4个物种相应的亚支。
正文中引用本图/表的段落
基于ITS序列构建的4种扁桃的最大似然树和贝叶斯树均表明28个单倍型聚为两支和4个亚支, 其中, 新疆野扁桃、蒙古扁桃和西康扁桃聚为一支, 长柄扁桃为另一支; 单倍型的4个亚支分别对应新疆野扁桃(R1-R6)、蒙古扁桃(R7-R17)、长柄扁桃(R18-R25)和西康扁桃(R26-R28)的单倍型(图5)。
生态位相似性分析表明, 新疆野扁桃与其他3种扁桃, 蒙古扁桃与长柄扁桃之间生态位分化均不明显, D的范围为0.047 4-0.405 4, 统计检验均不显著(p > 0.05), 可视化的生态位空间均显示存在一定范围的生态位重叠。西康扁桃与蒙古扁桃, 与长柄扁桃均存在显著的生态位分化(p < 0.05), D均为0,可视化生态位均无重叠(图5)。基于筛选后的7个环境因子的PCA表明: 前两个PC轴解释了研究区环境因子方差的70.84% (PC1: 39.62%; PC2: 31.22%); 最暖月最高气温(Bio5)、年平均气温(Bio1)、最冷月最低气温(Bio6)和最暖季降水量(Bio18)主要影响了西康扁桃与蒙古扁桃, 与长柄扁桃之间的生态位分化(图6)。
目前, 对于李亚科的分属存在两种划分观点, 一类为广义李属(Benthan & Hooker, 1865), 即: 桃、李、梅、杏等核果统归于李属, 再下设7个组; 另一类为狭义李属(俞德浚, 1979), 采用小属的划分方法, 共7个属: 桃属、杏属(Armeniaca)、樱属(Cerasus)、桂樱属(Laurocerasus)、稠李属(Padus)和李属(Prunus), 每个属下又分亚属(如桃属分扁桃亚属和桃亚属(subgen. Persica)), 该方法同时也是《中国植物志》的分类方法。李亚科内所有植物均为单心皮核果, 关于其属下亚属或组, 以及种的划分, 几百年来均无统一结果。本研究基于ITS序列, 最大似然树、贝叶斯树、单倍型网络及PCoA均表明4种扁桃的单倍型呈4个亚支, 种间无共享单倍型(图2, 图4, 图5)。形态上, 4种扁桃的枝、叶、果实和种子等也均存在明显差异(赵一之, 1995; 毛祖梅等, 1996)。
前人利用叶绿体序列和单拷贝核基因序列建树得出, 新疆野扁桃、长柄扁桃与欧洲李、黑刺李(Prunus spinosa)和稠李(Padus avium)等李属、稠李属植物, 蒙古扁桃和西康扁桃与桃(Prunus persica)、紫叶桃(Prunus persica ‘Zi Ye Tao')、山桃等桃属植物分别具有较近的亲缘关系(Yazbek & Oh, 2010, 2013; 董山平, 2015)。本研究表明4种野生扁桃与两个外类群山桃和稠李间的亲缘及聚类关系均较远(图1, 图3, 图4)。4种扁桃果实成熟后开裂无汁液与山桃和稠李果实成熟后不开裂多汁也具有明显的形态差异(俞德浚, 1986)。4种扁桃的PCoA和系统发育分析均表明, 新疆野扁桃、蒙古扁桃、西康扁桃之间亲缘关系相对较近, 而与长柄扁桃的亲缘关系均相对较远(图4, 图5)。基于核标记和形态特征对扁桃亚属系统发育的研究也揭示了长柄扁桃和其他3种扁桃的亲缘关系相对较远(Delplancke et al., 2016)。从染色体核型上, 新疆野扁桃、蒙古扁桃、西康扁桃均为二倍体16条染色体, 长柄扁桃为十二倍体96条染色体(董山平, 2015)。根据植物由二倍体向多倍体演化的规律, 分布区为4种植物分布最东界的长柄扁桃很有可能为4种扁桃中最年轻的物种(李雅轩, 2001; Yazbek & Oh, 2013)。
4种扁桃种间均存在一定的生态位分化(图6), 表明生态因素在物种分化的过程中起到了一定的作用。新疆野扁桃、蒙古扁桃、长柄扁桃和西康扁桃分布区的气候差异明显, 分别为中温带大陆性、温带大陆性、寒温带大陆性和温带干旱半干旱气候区, 在年平均气温、年降水量、无霜期、日照时间及土壤类型等方面均存在一定差异(梅立新等, 2014), 分布区生态地理环境的显著差异利于4种扁桃物种的分化, 4种植物也被细分为: 小灌木、落叶旱生灌木、落叶小灌木和密生小灌木。西康扁桃与蒙古扁桃, 以及与长柄扁桃之间生态位分化较显著(图6)。种间生态位的分化通常由于两物种实际生态位和背景环境的分化(Warren et al., 2008)。西康扁桃是我国唯一分布于南方的扁桃种, 其生长与分布生境均与蒙古扁桃和长柄扁桃存在明显差异(石文婷, 2018)。年平均气温, 以及反映极端温度与降水的因子主要驱动了西康扁桃与蒙古扁桃、长柄扁桃的生态位分化(图5)。3种扁桃分布区的昼夜温差及季节温度变幅均较大, 西康扁桃分布区的年平均气温范围和降水量范围与蒙古扁桃(5-9 ℃; 小于170 mm)和长柄扁桃(7-11 ℃; 330-450 mm)相比, 均相对较大(7-12 ℃; 500-800 mm; 魏钰等, 2012)。另外, 新疆野扁桃分布区内存在2个生态型: 气候较干旱的阿勒泰生态型和气候温和湿润的塔城生态型(曾斌, 2008), 这可能分别与蒙古扁桃和长柄扁桃偏旱生的生态位, 以及西康扁桃偏中生的生态位存在一定重叠。
本文的其它图/表
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